هر دارو به موازات اثر درمانی خود، ممکن است برخی عوارض جانبی را به همراه داشته باشد. برخی عوارض جانبی آپیکسابان عبارتند از:

کبودی پوست، خونریزی غیر معمول (بینی، دهان، واژن، رکتوم)، خونریزی از زخم یا محل تزریق، دوره‌های قاعدگی سنگین، احساس سردرد، سرگیجه و ضعف، مدفوع سیاه یا خونی، سرفه کردن همراه با خون و یا استفراغ خونی، بی‌حسی و یا سوزن سوزن شدن و یا ضعف عضلانی  (به خصوص در پاها)

همچنین ممکن است باعث بروز خارش پوستی یا واکنش شدید آلرژیک شود. اگر یکی از علائم زیر را داشتید، با پزشک خود تماس بگیرید: درد قفسه سینه یا تنگی نفس، تورم صورت یا زبان، مشکل تنفس یا خفگی، احساس سرگیجه یا ضعف